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困難樣本建庫-SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian
品牌	Code No.	產(chǎn)品名稱	包裝量	價格（元）	說明書	數(shù)量
Clontech	635005	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian(庫存銷售完畢即終賣)	12 Rxns	￥16,311
Clontech	635006	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit - Pico Input Mammalian(庫存銷售完畢即終賣)	48 Rxns	￥47,874
Clontech	634411	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian	12 Rxns	￥13,396
Clontech	634412	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian	48 Rxns	￥45,546
Clontech	634413	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian	96 Rxns	￥59,918
Clontech	634414	SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian	192 Rxns	￥107,811

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無標(biāo)題文檔

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input
Mammalian以皮克級總RNA構(gòu)建Illumina鏈特性RNA-seq文庫

· 皮克級樣品起始—可以250 pg-10 ng人，小鼠或大鼠總RNA起始
· 用途廣泛—可以不同品質(zhì)RNA（包括FFPE/LCM樣品及游離RNA）制備文庫，獲得高重復(fù)再現(xiàn)數(shù)據(jù)
· 性能提升-不增加PhiX也可獲得較高的簇通過過濾百分比（PF%），識別更多轉(zhuǎn)錄本，重復(fù)更少
· 保留鏈來源信息—轉(zhuǎn)錄本鏈來源信息識別準(zhǔn)確度高
· 快速，一體化流程—整體流程只需~6 h ，改良了buffer配方，縮短了文庫純化時間
· 無縫銜接Illumina測序—直接制備多達96種index的 Illumina^®-ready文庫

SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian設(shè)計用于從皮克級總RNA(250 pg–10 ng)中高效制備Illumina測序文庫。本試劑中采用的技術(shù)適用于高品質(zhì)，部分降解及低品質(zhì)RNA（如來自于FFPE或LCM樣品）。本試劑是一體化操作流程，保留了鏈來源信息，并且不需要下游文庫制備，在反轉(zhuǎn)錄和PCR擴增過程中就可以添加indexes和接頭。升級產(chǎn)品與原有SMARTer 皮克級產(chǎn)品相比，提升了在所有Illumina測序平臺的測序性能，并且文庫純化操作更加方便。
核糖體RNA在總RNA中占有很高的比重（~90%）。在制備文庫前從總RNA中去除掉這些大量的RNA，有利于降低測序成本，提高統(tǒng)計數(shù)據(jù)的比對比率。但是在以微量樣品起始時，如果一開始就從總RNA中去除rRNA，會造成純化后的起始樣品太少而不能制備高品質(zhì)測序文庫，本試劑采用專有的特異針對哺乳動物rRNA和部分線粒體RNA的探針去除核糖體cDNA（來源于核糖體RNA的cDNA片段）。采用本試劑制備的文庫與前代試劑制備的文庫接頭配置不同，即使是使用基于雙通道SBS技術(shù)的Illumina平臺如NextSeq^®， MiniSeq^™，和 HiSeq^® 3000/4000測序時，不需要添加大量PhiX也可以獲得高比例的簇通過過濾百分比(%PF)。每個run可以獲得更多的生物學(xué)相關(guān)測序reads，這又反過來減少了測序成本。采用Pico v2 Kit同樣可以獲得更多的特異轉(zhuǎn)錄本，更低的rRNA、mtRNA比對率和重復(fù)率。此外，Pico v2 Kit包含了一種新的PCR buffer，提高了文庫純化效率。
試劑盒提供12，48，96和192次反應(yīng)規(guī)格。高通量版本試劑 (Code No. 634413,634414) 包含12種反向引物，8種正向引物，最多可以構(gòu)建96種indexes文庫。包括文庫構(gòu)建及純化的整體流程只需~6 h。

不同樣品起始量解決方案：
· 10-100 ng 總RNA, 推薦使用 SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - Low Input Mammalian
· 100 ng-1 μg總RNA, 推薦使用SMARTer Stranded Total RNA Sample Prep Kit - HI Mammalian

圖1. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian技術(shù)流程

圖2. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian提高了通過過濾百分比（PF%）。如圖所示，分別采用Pico v1 或Pico v2制備文庫并使用NextSeq 500 或 MiniSeq平臺測序。圖中，藍(lán)色圖框表示未過濾（原始）reads的簇密度分布，綠色圖框表示通過過濾reads的簇密度分布。圖中顯示了通過過濾的reads數(shù)（以百萬計）和每個run的%PF。

圖3. 新的SeqAmp CB PCR buffer利于磁珠-沉淀物形成。Pico v2中的PCR buffer經(jīng)過重新設(shè)計可以更快、更緊密的形成磁珠-沉淀物。經(jīng)過磁力分離后，在新的SeqAmp CB buffer（右）中的沉淀物比原來PCR buffer（左）中的沉淀物更緊密。緊密的沉淀物比松散的沉淀物更容易干燥，易于重懸。

圖4. SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian 提升了靈敏度和重復(fù)再現(xiàn)性。上圖為以1 ng和10 ng人肺FFPE來源的總RNA起始，分別采用Pico v1和Pico v2構(gòu)建文庫，NextSeq 500測序數(shù)據(jù)。Panel A. 以1 ng和10 ng樣品起始，分別采用Pico v1和v2構(gòu)建文庫的測序數(shù)據(jù)。Panel B. 不同樣品起始量之間，轉(zhuǎn)錄本表達水平的比較分析。

Technote：
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