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產品選擇指南

技術服務信息

當前位置：首頁> > > 單細胞分選系統(tǒng) > 自動化高通量的單細胞差異表達分析
自動化高通量的單細胞差異表達分析
品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格（元） 說明書 數(shù)量
Clontech 640199（終賣） ICELL8® cx 3’DE Chip 1 Chip 詢價
Clontech 640167 ICELL8 3'DE Reagent Kit 1 Rxn 詢價
Clontech 640212 ICELL8® Collection Kit - L 1 Pkg 詢價
Clontech 640197 ICELL8® cx Loading Kit 1 Pkg 詢價
Clontech 640192 ICELL8® 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) Each 詢價
高通量、高品質、更經濟的單細胞3’端轉錄組分析解決方案
· 高通量單細胞分析：同時生成上千單細胞測序數(shù)據(jù)
· 樣品靈活性高：一次實驗可同時對8個不同樣品進行單細胞分析
· mRNA 3’端捕獲測序：mRNA 3’端捕獲測序差異表達分析所需reads數(shù)更少
· 減少樣品處理操作：自動完成文庫構建前的細胞分離、挑選及混樣，偏差更小
· 兼容illumina平臺：構建的文庫支持illumina平臺測序
 
■ 產品說明
通過結合Takara Bio單細胞RNA-Seq文庫構建的技術優(yōu)勢及ICELL8 cx Single-Cell System（Code No. 640188） 單細胞分選的優(yōu)良性能，ICELL8 3’DE Reagent Kit 實驗流程能夠一次制備最多八個不同樣品的I llumina測序文庫，可高通量地分析單細胞基因表達差異。
樣品細胞經過染色、稀釋，使用ICELL8 cx單細胞分選系統(tǒng)將其分注到微孔芯片ICELL8 cx 3’DE Chip（Code No. 640199）中。微孔芯片表面排布5,184個納升微孔，并預先固相化了Barcodes。通過單細胞分選系統(tǒng)的成像功能和配套的CellSelect軟件，含有活單細胞的微孔將被挑選出來，并添加RT-PCR試劑，在芯片中完成cDNA合成與擴增。從芯片中將DNA產物混合收集，使用基于轉座酶的方法富集mRNA 3’ 端來源的cDNA，隨后通過PCR擴增整合入Illumina index序列。
通過每個微孔特異的Barcode序列，能從最終的文庫測序數(shù)據(jù)中回溯每個活的單細胞來源的數(shù)據(jù)，并可基于mRNA 3’ 端計數(shù) ，進行差異基因表達分析。配合ICELL8 cx單細胞分選系統(tǒng)，ICELL8 3’DE Reagent Kit為高通量單細胞差異表達分析提供了高效、經濟的解決方案，一次實驗即可從上千個活的單細胞獲得高質量3’ 端測序數(shù)據(jù)。
 
■ 產品組分
完整的工作流程需要下列Takara Bio產品。同時，請參考對應的User Manual得到一份完整的試劑耗材清單：
用于ICELL8 cx Single-Cell System
· ICELL8 cx 3’DE Chip (Code No. 640199)
· ICELL8 3’DE Reagent Kit（Code No. 640167)
· ICELL8 Collection Kit-L (Code No. 640212)
· ICELL8 cx Loading Kit (Code No. 640197)
· ICELL8 384-Well Source Plate and Seal (5/pack) (Code No. 640192)
User Manual：ICELL8® cx 3’DE User Manual
 
圖1 ICELL8 3’DE Reagent Kit工作流程
 
圖2 選取iPS細胞分化至心肌細胞過程中的四個時間點（Day1/3/9/21），用 ICELL8 Single-Cell System進行單細胞高通量3’末端轉錄組分析，共獲得約1,000個活的單細胞，平均每個細胞超過120,000 reads，測得1,200個基因（最大為750,000 reads，測得4,500個基因）；tSNE分析結果可以看出不同分化階段的細胞存在明顯的基因表達差異。
 
圖3 細胞特異性基因表達變化 隨著分化的進行，iPS細胞特異性基因的表達數(shù)量減少，而心肌細胞特異性基因的表達數(shù)量增加。
 
Technote：
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參考文獻
1. Ren, Z. et al. Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Principles in Pathological Cardiac Hypertrophy. Circulation, 141, 1704–1719 (2020)
2. Wang, L. et al. Single-cell reconstruction of the adult human heart during heart failure and recovery reveals the cellular landscape underlying cardiac function. Nat. Cell Biol. 22, 108–119 (2020)
3. Krieger, T. G., et al. Modeling Glioblastoma Invasion Using Human Brain Organoids and Single-Cell Transcriptomics. Neuro-Oncology, 22, 1138–1149 (2020)
4. Yekelchyk, M., Guenther, S., Preussner, J. & Braun, T. Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population. Basic Res. Cardiol. 114, 36 (2019)
 
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頁面更新：2021-02-02 11:43:14

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