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產(chǎn)品選擇指南

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無(wú)標(biāo)題文檔
如何快速確認(rèn)基因編輯實(shí)驗(yàn)結(jié)果？
 
由于基因編輯是在微觀的分子結(jié)構(gòu)上對(duì)基因組進(jìn)行定點(diǎn)改變，那么在完成基因編輯實(shí)驗(yàn)后怎樣才可以快速 “見(jiàn)著知微” 地確認(rèn)基因編輯實(shí)驗(yàn)結(jié)果呢？
Takara以下5款“黑科技”產(chǎn)品，我不希望還有人不知道！
 
1、基因編輯后突變檢測(cè)
 
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
631448   Guide-it™ Mutation Detection Kit 25 Rxns
631443 100 Rxns
 
 
用途：確認(rèn)CRISPR/Cas9等多種基因編輯方式所產(chǎn)生的基因突變。
 
產(chǎn)品特點(diǎn)：
√ 直接以細(xì)胞為起始進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可簡(jiǎn)便快速地檢測(cè)出基因突變
√ 可用于檢測(cè)多種基因編輯方式所產(chǎn)生的基因突變
√ ALL-IN-ONE型試劑盒，包含Guide-it Resolvase、Terra PCR Direct Polymerase和所有緩沖液
 
實(shí)驗(yàn)案例：Guide-it Mutation Detection Kit 與其他公司同類(lèi)產(chǎn)品的比較
轉(zhuǎn)染表達(dá)Cas9核酸酶的質(zhì)粒和特異作用于AAVS1位點(diǎn)的sgRNA至293T細(xì)胞，轉(zhuǎn)染48 hr后收集細(xì)胞，將其與未經(jīng)轉(zhuǎn)染的細(xì)胞按照不同比例進(jìn)行混合，分別進(jìn)行突變導(dǎo)入檢測(cè)。采用Terra PCR Direct Polymerase Mix擴(kuò)增含有AAVS1位點(diǎn)的目的片段并純化其產(chǎn)物，之后分別采用Guide-it解離酶和Cel1酶（Surveyor assay）進(jìn)行剪切。采用Guide-it解離酶剪切后條帶清新易于識(shí)別，而Surveyor assay剪切后則顯示明顯的彌散，這樣使得不容易測(cè)定突變效率并且低水平突變導(dǎo)入很難檢測(cè)得到。
* 數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc.
 
2、基因編輯后基因敲入檢測(cè)
 
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
632659   Guide-it™ Knockin Screening Kit 100 Rxns
632660 400 Rxns
 
用途：檢測(cè)由同源重組所產(chǎn)生的基因組編輯、單核苷酸替換、鑒定識(shí)別含不同等位基因的雜合克隆。
 
產(chǎn)品特點(diǎn)：
√ 無(wú)需測(cè)序，4小時(shí)可完成檢測(cè)，快速確定是否發(fā)生了正確的基因敲入
√ 無(wú)需特殊儀器，使用熒光讀板機(jī)或者定量PCR儀進(jìn)行測(cè)定
√ 可用于批量或者單克隆細(xì)胞檢測(cè)
√ SNP分析理想選擇，雙色檢測(cè)可同時(shí)檢測(cè)兩個(gè)不同等位基因（SNP和WT等）
 
實(shí)驗(yàn)案例：鑒定iPSC基因編輯（SNP/WT）雜合克隆細(xì)胞系
Justin McDonough博士比較了Guide-it Knockin Screening Kit與Sanger測(cè)序在鑒定iPSC基因編輯（SNP/WT）雜合克隆細(xì)胞系實(shí)驗(yàn)的分析結(jié)果。
上圖X軸為通過(guò)Sanger測(cè)序得到的基因分型(WT：野生型；SNP：HDR；Indel，NHEJ；unknown：未知)。同時(shí)使用Guide-it Knockin Screening Kit測(cè)定，檢測(cè)出克隆細(xì)胞中攜帶的經(jīng)編輯（SNP）和未經(jīng)編輯（野生型WT）等位基因分別以藍(lán)色（綠色熒光）和紫色（紅色熒光）熒光信號(hào)強(qiáng)度表示。在大多數(shù)情況下，Knockin Screening Kit的分析結(jié)果與Sanger測(cè)序的分析結(jié)果是一致的（例如雜合克隆A07），但一些例子表明，使用常用的生物信息學(xué)分析工具會(huì)出現(xiàn)遺漏或者錯(cuò)誤識(shí)別的情況。例如，像F04這樣攜帶SNP的細(xì)胞克隆并沒(méi)有通過(guò)Sanger測(cè)序數(shù)據(jù)的分析被識(shí)別出來(lái)（F04，上圖中被定義為“unknown”）。此外，另一個(gè)攜帶所需SNP（E07）的克隆被錯(cuò)誤地認(rèn)為是在靶位點(diǎn)編碼兩個(gè)indel等位基因拷貝。研究人員表示，Knockin Screening Kit非常善于識(shí)別WT/SNP雜合克隆，這正是實(shí)驗(yàn)非常需要的。
 
3、基因編輯后高通量SNP篩選
 
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
632652   Guide-it™ SNP Screening Kit 100 Rxns
632653 400 Rxns
 
用途：快速檢測(cè)基因編輯后細(xì)胞群中的單核苷酸替換、SNP基因分型。
 
產(chǎn)品特點(diǎn)：
√ 高通量SNP篩選，無(wú)需測(cè)序，4小時(shí)即可快速完成
√ 可檢測(cè)任意基因位點(diǎn)核苷酸替換
√ 無(wú)論是哪種合子型，都可以識(shí)別出基因編輯后的細(xì)胞克隆
 
實(shí)驗(yàn)案例：利用Guide-it SNP Screening Kit在多個(gè)人類(lèi)基因組位點(diǎn)檢測(cè)核苷酸替換
以野生型或者純合型的基因組DNA（從Coriell研究所獲?。闃悠?，使用Guide-it SNP Screening Kit分析標(biāo)明堿基替換。結(jié)果顯示，與野生型（橙色）和陰性對(duì)照（灰色）樣品所產(chǎn)生的熒光信號(hào)相比，發(fā)生了堿基替換的純合型（藍(lán)色）樣品產(chǎn)生了更強(qiáng)的熒光信號(hào)，表明實(shí)驗(yàn)成功檢測(cè)到了基因組中所有堿基替換。
 
4、基因編輯后基因組序列確認(rèn)
 
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
631444   Guide-it™ Indel Identification Kit 10 Rxns
 
用途：確認(rèn)CRISPR/Cas9等多種方式基因編輯后產(chǎn)生的序列插入或序列缺失。
 
產(chǎn)品特點(diǎn)：
√ 確認(rèn)CRISPR/Cas9等多種方式基因編輯后導(dǎo)入的突變位點(diǎn)基因序列
√ 以細(xì)胞裂解液為起始的PCR與In-Fusion無(wú)縫定向基因克隆技術(shù)相結(jié)合，簡(jiǎn)便、快速且有效地獲得目的克隆
√ ALL-IN-ONE型試劑盒，包含實(shí)驗(yàn)所需的目的基因擴(kuò)增、克隆、制備測(cè)序用樣品所需的全部試劑
 
實(shí)驗(yàn)案例：CRISPR/Cas9基因編輯后，確認(rèn)CD81基因插入、缺失序列
轉(zhuǎn)染表達(dá)Cas9和作用于CD81基因的sgRNA至HeLa細(xì)胞進(jìn)行基因編輯，采用Guide-it Indel Identification Kit制備CD81基因靶位點(diǎn)測(cè)序用樣品。選擇6個(gè)克隆進(jìn)行測(cè)序并將測(cè)序數(shù)據(jù)與野生型基因序列進(jìn)行比對(duì)，確認(rèn)CD81基因通過(guò)基因編輯導(dǎo)入的基因位點(diǎn)插入/缺失。
 
5、基因編輯后克隆基因型確認(rèn)
 
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
632611   Guide-it™ Genotype Confirmation Kit 100 Rxns
 
用途：確認(rèn)CRISPR/Cas9等多種方式基因編輯后單/雙等位基因突變。
 
產(chǎn)品特點(diǎn)：
√ 通過(guò)Cas9-sgRNA體外剪切實(shí)驗(yàn)確定單/雙等位基因突變類(lèi)型
√ 產(chǎn)品包括用于體外剪切實(shí)驗(yàn)的高純度的重組Cas9核酸酶
√ 操作步驟流程化，可使用來(lái)自于細(xì)胞的目的基因組DNA直接擴(kuò)增
 
實(shí)驗(yàn)案例：測(cè)定HEK 293細(xì)胞中的基因型
圖A：使用Cas9和靶向C4BPB基因的sgRNA對(duì)HEK 293細(xì)胞進(jìn)行基因編輯。使用Guide-it Genotype Confirmation Kit對(duì)已獲得的15個(gè)單細(xì)胞克隆進(jìn)行C4BPB位點(diǎn)的基因型鑒定。圖中左側(cè)的野生型 (WT)，單等位基因 (M)，雙等位基因 (B)在分析中作為對(duì)照。結(jié)果表明,克隆1，4，10，12是野生型；克隆2是單等位基因突變；克隆3，5-9，11和13-15是雙等位基因突變。
圖B：對(duì)A圖中挑選的克隆進(jìn)行測(cè)序分析。每個(gè)結(jié)果中，小寫(xiě)字母代表的是野生型（WT）序列。對(duì)在A圖中使用基因型鑒定方法確認(rèn)結(jié)果為雙等位基因突變的克隆，進(jìn)一步測(cè)序分析表明克隆7是雜合子，克隆9和11是純合子。在克隆2中，檢測(cè)到3種不同的等位基因，可能是因?yàn)樵贖EK 293細(xì)胞系中出現(xiàn)拷貝數(shù)變異。
 
其他關(guān)聯(lián)產(chǎn)品推薦
★ sgRNA的體外轉(zhuǎn)錄和篩選系統(tǒng)
可以被用來(lái)合成和檢測(cè)sgRNAs效率。該試劑盒包含了體外轉(zhuǎn)錄和純化sgRNAs，以及檢測(cè)重組Cas9核酸酶對(duì)PCR靶向片段剪切效率，可用于CRISPR/Cas9 研究中sgRNA的制備、純化和評(píng)價(jià)。
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
632636   Guide-it™ Complete sgRNA Screening System 50 Rxns
 
★ 重組Cas9蛋白質(zhì) (3 μg/μl)/(10 μg/μl)
Takara有來(lái)源于野生型釀膿鏈球菌的重組Cas9蛋白質(zhì)，助力基因編輯，錨定靶點(diǎn)切割！Guide-it Recombinant Cas9有多種蛋白質(zhì)濃度產(chǎn)品，可滿(mǎn)足電穿孔、顯微注射等多種不同復(fù)合物導(dǎo)入方式。C末端的NLS核定位信號(hào)可以實(shí)現(xiàn)快速有效的突變導(dǎo)入，且經(jīng)過(guò)不斷的產(chǎn)品優(yōu)化，已證實(shí)對(duì)哺乳動(dòng)物細(xì)胞具有良好的耐受性，可降低導(dǎo)入哺乳動(dòng)物細(xì)胞時(shí)所造成的細(xì)胞損傷，使脫靶效應(yīng)更小化的同時(shí)，更容易實(shí)現(xiàn)高效率的基因編輯。
Code No. 產(chǎn)品名稱(chēng) 包裝量
632640   Guide-it™ Recombinant Cas9 (3 μg/μl) 3 × 100 μg
632641 100 μg
632678   Guide-it™ Recombinant Cas9 (10 μg/μl) 200 μg
632679 500 μg
 
Takara Guide-it™產(chǎn)品線長(zhǎng)期致力于基因編輯實(shí)驗(yàn)的解決方案！更多基因編輯相關(guān)資料歡迎您點(diǎn)擊下載CRISPR/Cas9基因編輯完整解決方案宣傳冊(cè)，或直接觀看在線講座視頻CRISPR/Cas9基因編輯全套操作和解決方案。
 
 

頁(yè)面更新：2023-02-08 14:01:34